研究所已发展成为科研、教学、培训、救援为一体的灾害医学救援研究机构。研究所和国内外同行有着广泛、密切的科技合作和友好学术交流关系。

集临床、教学和科研于一身的研究机构，承担着全国、全军疑难眼眶病的诊治任务，有最先进的影像学研究室、莱卡病理设备及图像处理系，是我国成立最早的眼眶病研究所之一。

是医院重点学科，技术力量雄厚，在肛肠疾病的手术治疗领域居军内外领先水平。

是医院特色学科之一，集临床、科研、教学为一体。人员梯队结构合理，年富力强，专业理论扎实，临床经验丰富，技术力量雄厚。

肿瘤中心分为肿瘤一科、肿瘤二科和放疗部。目前已形成了以肿瘤综合治疗为特色的医学专科中心。

口腔医学中心在颌面整形、颌面创伤和口腔修复外科以及心血管病拔牙等领域达到军内领先水平。

灾害救援医学北京市重点实验室是经北京科委批准的省部级重点实验室。中心任务是开展灾害救援医学领域基础和应用基础研究，是国内外合作交流开放平台。

是医院的“龙头”学科，技术力量雄厚，专业特色突出，形成了由移植外科、移植内科、移植ICU组成的优势学科联合体。"肝脏移植的临床研究及应用"获国家科技进步二等奖。

医院整合神经肿瘤外科、神经血管外科、神经内科等科室组成优势学科群，汇聚了国内多位神经科学领域知名专家，标志着我院又一个大型学科联合体初步形成。

拥有国内最先进的全套前庭功能检查及诊断治疗系统，并享有自主知识产权，是目前国际上最新的良性阵发性位置性眩晕诊断复位设备，能为眩晕患者提供比较系统、明确的诊断。

2003年7月18日正式成立，为国内首家纳米医学研究所，掌握着目前纳米医学领域的最前沿技术。

骨科中心由关节四肢外科、脊柱外科（骨二科）、脊柱外科（骨三科）、骨四科共同组成。

优生优育中心在治疗上充分体现了个性化、人性化原则，全面开展整体化治疗及责任制护理措施，深受患者欢迎。该中心由儿科和妇产科共同组成。

药物临床试验机构2012年6月28日经国家食品药品监督管理总局认定，认定专业为13个，机构设有药物临床试验管理委员会、专家委员会、伦理委员会。